Das verbrauchte Waschmaterial wird zusammen mit dem Waschwasser aufgefangen. Dieses wird in der Regel ins offene Meer geleitet, nachdem es in einem Abscheider von Schlamm befreit wurde, während die gereinigten Abgase aus dem System geleitet werden.
Das Waschmaterial wird aufgrund seiner Fähigkeit ausgewählt, bestimmte Verunreinigungen – wie SOx oder NOx – durch chemische Reaktionen zu entfernen. Zur Entschwefelung verwenden Marinewäscher Kalk oder Natronlauge, um nach der Behandlung Salze auf Schwefelbasis zu erzeugen, die problemlos entsorgt werden können, da sie für die Umwelt unbedenklich sind.
Marinewäscher können Meerwasser oder Süßwasser mit hinzugefügten Kalzium-/Natriumsorbentien oder Kalkhydratpellets als Waschmedium verwenden, da diese alkalisch sind. Marinewäscher können aufgrund ihrer Funktionsweise in Nass- und Trockenversionen unterteilt werden.